Консервативные аминокислотные остатки в выборке 4 потенциальных ортологов BTUB_ECOLI

Было предложено оценить консервативность остатков в зоне контакта белка с лигандом. Для этого был проведен поиск ортологов белка BTUB_ECOLI и построение множественного выравнивания. Для первоначального ограничения была построена

матрица попарного сходства (% совпадения)

                  BTUB_YERPE   BTUB_YERPS   BTUB_ERWCT   BTUB_ECOLI   BTUB_PHOLL 

  BTUB_YERPE          100%                                                    

  BTUB_YERPS           75%         100%                                       

  BTUB_ERWCT           63%          62%         100%                          

  BTUB_ECOLI           61%          62%          66%         100%             

  BTUB_PHOLL           63%          61%          59%          58%         100%

В силу специфичности и сложности структуры BTUB_ECOLI не удалось найти достаточного количества ортологов.

Множественное выравнивание ортологов белка BTUB_ECOLI

Выравнивание проводилось программой emma пакета EMBOSS, а раскраска программой Genedoc.

* 2 0 * 4 0 *

B T U B _ Y E R P E : M T I K K Y T L L T A L S V T A F S G W A Q G N N T T D N N D E M V V T A N R F P Q P K S S V L A P V D V V T R A D : 5 8

B T U B _ Y E R P S : M T I K K Y T L L T A L S V T A F S G W A Q G N N T T D N N N E M V V T A N R F P Q P K S S V L A P V D V V T R A D : 5 8

B T U B _ E R W C T : - M I K K I S L L T A L S V T A F S G W A Q E T - - - - D N N A M V V T A N R F Q Q P V N S V L A P T T V V T R E E : 5 3

B T U B _ E C O L I : - M I K K A S L L T A C S V T A F S A W A Q D T - - - - S P D T L V V T A N R F E Q P R S T V L A P T T V V T R Q D : 5 3

B T U B _ P H O L L : M I N K K R L L L S T V S I M V I S G W N Q A S A A V E S Q D S L V V T A S R F K Q P I S S I L A P Y T V V T R D E : 5 8

i K K L L t a S v t a f S g W a Q V V T A n R F Q P s s v L A P V V T R

6 0 * 8 0 * 1 0 0 *

B T U B _ Y E R P E : I D R W Q S T N I N D V L R R L P G V D I A Q D G G M G Q R S S L F I R G T N S S H V L V L I D G V R L N Q A G I T : 1 1 6

B T U B _ Y E R P S : I D R W Q S T N I N D V L R R L P G I N I A Q Y G G P R Q L S S L F I R G T N S S H V L V L V D G V R L N Q A G I S : 1 1 6

B T U B _ E R W C T : I D R W Q A K S L T D V M R R L P G V D I G Q N G G L G Q K S S L F I R G T N S S H V L V L I D G I R L N Q A G I S : 1 1 1

B T U B _ E C O L I : I D R W Q S T S V N D V L R R L P G V D I T Q N G G S G Q L S S I F I R G T N A S H V L V L I D G V R L N L A G V S : 1 1 1

B T U B _ P H O L L : I D R W Q S N S V A D I L R R L P G V D I A R H G G I G Q L S S L F I R G T H A S H V L V L M D G I R L N Q A G I S : 1 1 6

I D R W Q s D v l R R L P G v d I q G G g Q S S l F I R G T n S H V L V L D G R L N q A G i s

1 2 0 * 1 4 0 * 1 6 0 *

B T U B _ Y E R P E : G A S D L S Q I P I S L V Q R I E Y I R G P R S A V Y G S D A I G G V I N I L T G R D K P G T T L S A G L G S N G Y : 1 7 4

B T U B _ Y E R P S : G S S D L S Q I P I S L V Q R I E Y I R G P R S A V Y G S D A I G G V V N I I T E R E T L G S T L T A G L G S N G Y : 1 7 4

B T U B _ E R W C T : G S S D L S Q I P L S L V Q K V E Y I R G S R S A V Y G S D A I G G V V N I I T T R E K N G T T L N A G V G S K G Y : 1 6 9

B T U B _ E C O L I : G S A D L S Q F P I A L V Q R V E Y I R G P R S A V Y G S D A I G G V V N I I T T R D E P G T E I S A G W G S N S Y : 1 6 9

B T U B _ P H O L L : G S S D L S Q I P V S L V Q K I E Y I R G P R S A V Y G S D A I G G V I N I I T T R E K L G T S L N V G I G S H G Y : 1 7 4

G s s D L S Q i P s L V Q E Y I R G p R S A V Y G S D A I G G V N I i T R G t l a G G S g Y

1 8 0 * 2 0 0 * 2 2 0 *

B T U B _ Y E R P E : Q T Y D G S T Q Q K L G E D T T V T L A G N Y T Y S K G Y D V V A G M P G A G G P R Q P D R D G F M G K M L W A G L : 2 3 2

B T U B _ Y E R P S : Q N Y N G S T Q Q K L G D D T T I T L A G N Y D Y S K G Y D V V A K G N - T G M A S Q P D R D G Y L G K M L W L G A : 2 3 1

B T U B _ E R W C T : Q S Y D A A T Q Q A L G D S T T A T L A G N Y V Y T K G F D V V A Y G - - T A S P A Q P D R D G F M S K S L Y G T V : 2 2 5

B T U B _ E C O L I : Q N Y D V S T Q Q Q L G D K T R V T L L G D Y A H T H G Y D V V A Y G N - T G T Q A Q T D N D G F L S K T L Y G A L : 2 2 6

B T U B _ P H O L L : Q T Y D G A T Q Q T L A E N T V L T A A A N Y T Y T K G Y D V V A D G N - T G G F R Q P D R D G F M S K M L W L G V : 2 3 1

Q Y d T Q Q L g T T l a g n Y y k G y D V V A g t g Q p D r D G f K L

2 4 0 * 2 6 0 * 2 8 0 *

B T U B _ Y E R P E : E H Q F N E Q F N G F A R V Y G F D N R S D Y D G Y T N Y S N P L A L I D T R K L S S R T Y D T G L R Y K N G I Y A : 2 9 0

B T U B _ Y E R P S : N H K F N E Q F S G F V R G Y G F D N R S D Y D S Y Y Y P G - - S P L V D T R S L S S R T Y D T G I N F S N G G Y A : 2 8 7

B T U B _ E R W C T : E H K F G D Q F S G F L R G Y G Y D N R T D Y D N F S S - - - - - - - V D T R Q L Y S Q T W D T G L R Y Q S G I Y S : 2 7 6

B T U B _ E C O L I : E H N F T D A W S G F V R G Y G Y D N R T N Y D A Y Y S P G - - S P L L D T R K L Y S Q S W D A G L R Y N G E L I K : 2 8 2

B T U B _ P H O L L : D Q K F N E Q V S G F V R A Y G Y N N R T S Y D A D I N W S Y P Y A R P D T R E L Y S R H Y D M G V R F N Q G I Y S : 2 8 9

h F q s G F R Y G d N R Y D D T R L S D G r g y

3 0 0 * 3 2 0 * 3 4 0

B T U B _ Y E R P E : S Q F I A S Y N R T K D Y N Y S P L F G Q H D I T A S L D E A E Q Y N L Q W G N T F Q L T N G M I S A G A D W Q E Q : 3 4 8

B T U B _ Y E R P S : S Q L I G S Y S R T Q D Y N Y D P S Y G R Y D Q S A T L D D I S Q Y N L Q W T N T Y Q L G L G N V G G G L D W Q K Q : 3 4 5

B T U B _ E R W C T : T Q L I G S Y S H S K D Y D Y D P L R G L H S S G S T L V D S Q Q Y N A Q W G N V L Q V G A G T V S A G V D W Q D Q : 3 3 4

B T U B _ E C O L I : S Q L I T S Y S H S K D Y N Y D P H Y G R Y D S S A T L D E M K Q Y T V Q W A N N V I V G H G S I G A G V D W Q K Q : 3 4 0

B T U B _ P H O L L : S Q L I T S Y S H T K D Y N F D P Q Y G R Y D K S A S L N D S E Q Y N L Q W G N T F Q L Y Q G I V S T G V D F Q K Q : 3 4 7

s Q l I S Y s k D Y n y d P G d a L Q Y n Q W N q G G D w Q Q

* 3 6 0 * 3 8 0 * 4 0 0

B T U B _ Y E R P E : R T E R K S S N Q N T T A D F T Q H N T G I Y L T G Q Q Q I S D V T L E G A V R S D D N S Q F G W H S T W Q T S A G : 4 0 6

B T U B _ Y E R P S : T T E P G T N - - Y L S N G Y E Q R N T G V Y G T V Q Q F V G P V T L E G A I R G D D N S Q F G W H T T W Q S S A G : 4 0 1

B T U B _ E R W C T : I I K P D S T - - S V N R E E S Q N N T G I Y L T G Q Q R F A S I V L E G S V R G D D Q S E F G W H N T W R T G A S : 3 9 0

B T U B _ E C O L I : T T T P G T G - - Y V E D G Y D Q R N T G I Y L T G L Q Q V G D F T F E G A A R S D D N S Q F G R H G T W Q T S A G : 3 9 6

B T U B _ P H O L L : S I E A G T S - - Y I P K S K T V R N T G M Y L T A Q Q Q L K D F I L E G A I R S D K H S E A G W N T T W Q A S L G : 4 0 3

q N T G Y l T q Q l E G a R D d S f G w h T W q s a g

* 4 2 0 * 4 4 0 * 4 6 0

B T U B _ Y E R P E : W E F I D G Y R L I G S Y G T A Y K A P N L M Q L Y S A Y G G N A N L K P E E S K Q W E G G V E G L T G P L T W R L : 4 6 4

B T U B _ Y E R P S : W E F V D G Y R L I G S Y G T A F K A P N L G Q I Y S S T Y G N R D L K P E E S T Q W E A A I T G I T G P L D W R L : 4 5 9

B T U B _ E R W C T : W E F I E G Y S L I A S Y G T A F K A P N M G Q L Y G R F G S N R D L Q P E E S K Q W E S G V E G L T G P V I W R V : 4 4 8

B T U B _ E C O L I : W E F I E G Y R F I A S Y G T S Y K A P N L G Q L Y G F Y G - N P N L D P E K S K Q W E G A F E G L T A G V N W R I : 4 5 3

B T U B _ P H O L L : W E F I K D Y R L I A S Y G T A F K A P T L S Q M Y G F G G - N H D L K P E E S K Q W E G G I E G V T G Q L T W R M : 4 6 0

W E F i g Y r l I S Y G T a K A P n l Q Y g N L P E e S k Q W E e G T g W R

* 4 8 0 * 5 0 0 * 5 2 0

B T U B _ Y E R P E : S A Y R N D I D Q L I D Y S N L T N G - - Y F N I N K A T I K G V E W T G S F D T G P L S H Q V T L E Y L D P R N A : 5 2 0

B T U B _ Y E R P S : S A Y R N D I D Q M I A T R G V Y P N S R Y Y N V E K A T I K G V E W T G S F E T G P L S H Q V T L E Y L D P R N A : 5 1 7

B T U B _ E R W C T : S G Y R N D I D - N L I D A T G S T G Y V Y E N V G K A K I K G I E A T A S F D T G P V G H R I S Y D Y V D S R N A : 5 0 5

B T U B _ E C O L I : S G Y R N D V S - D L I D Y D D H T - L K Y Y N E G K A R I K G V E A T A N F D T G P L T H T V S Y D Y V D A R N A : 5 0 9

B T U B _ P H O L L : T V Y R N E I E Q L I D Y A N S R Y - - - - Y N I G K A K I K G V E W T G L I D T G M F Q H Q L T I Q Y I D P R N S : 5 1 4

s Y R N d i y N K A I K G v E T f d T G p H Y D R N a

* 5 4 0 * 5 6 0 * 5 8 0

B T U B _ Y E R P E : D T H E I L V R R A K Q Q V K Y Q L D W Q V A D L D W S V T Y Q Y L G - - - Q R Y D K D Y S - - T Y P E E T V E L G : 5 7 3

B T U B _ Y E R P S : D T H E I L A R R A K Q Q V K Y Q L D W Q M A D L D W S V T Y Q Y I G - - - Q R Y D S V F D P I T Y A A S P V K L A : 5 7 2

B T U B _ E R W C T : I T D E P L A R R A K Q Q V K Y Q L D W Q V Y D L D W S V T Y Q Y L G S R Y D K D Y G N Y I P A V D D Y Q T V K L G : 5 6 3

B T U B _ E C O L I : I T D T P L L R R A K Q Q V K Y Q L D W Q L Y D F D W G I T Y Q Y L G T R Y D K D Y S S Y P - - - - - Y Q T V K M G : 5 6 2

B T U B _ P H O L L : E T N E I L V R R A K Q Q V K Y Q L D W Q L Y D F D W G L T Y Q Y L G R R Y D K D F S T S P - - - - - A K R V K L G : 5 6 7

T e L R R A K Q Q V K Y Q L D W Q D D W T Y Q Y l G V k l g

* 6 0 0 * 6 2 0 *

B T U B _ Y E R P E : G V S L W D L A V S Y P V T S H L T V R G R I A N L F D K D Y E M V Y G Y Q T P G R E Y Y F T G S Y N F : 6 2 5

B T U B _ Y E R P S : G I S L W D L A V S Y P V T S H L T V R G R I A N L F D K D Y E M V Y G Y Q T P G R E Y Y F T G S Y N F : 6 2 4

B T U B _ E R W C T : G V S L W D L A A S Y P V T S H L T V R G R I A N L F D K D Y E T A Y G Y R T A G R E Y Y L T G S Y T F : 6 1 5

B T U B _ E C O L I : G V S L W D L A V A Y P V T S H L T V R G K I A N L F D K D Y E T V Y G Y Q T A G R E Y T L S G S Y T F : 6 1 4

B T U B _ P H O L L : G V S F W D L T V S Y P V T S Y L T I R A R I A N L L D K D Y E T V Y G Y R I P G R E Y Y L T G S Y N F : 6 1 9

G v S l W D L a v s Y P V T S h L T v R g r I A N L f D K D Y E v Y G Y t G R E Y y t G S Y F

В данном выравнивании аминокислоты, консервативные на 100% выделены красным цветом, а на 80% - синим.

Чтобы наглядно показать степень консервативности аминокислотных остатков, взаимодействующих с лигандом, в программе RasMol была построена следующая

картинка взаимодействий

Всего в области контакта с лигандом (витамин ₁₂) находятся 25 аминокислотных остатков (серого цвета), из них 3 обладают 80%-ой консервативностью (синего цвета), и 13 - 100%-ой (красного цвета). Причем первые три располагаются рядом, а абсолютно консервативные расположены более-менее диффузно вокруг лиганда. Таким образом зона контакта с лигандом консервативна на 64%, а в целом белок - на 62%, следовательно, эта область ничем особенно не выделяется в белке по консервативности.